Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) Fakultas Tarbiyah IAIN Parepare merupakan salah satu program studi yang memiliki sejarah panjang dalam perkembangan pendidikan tinggi Islam di Kota Parepare dan kawasan Ajatappareng. Akar kelembagaan Program Studi PAI dapat ditelusuri sejak berdirinya Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin Parepare pada tahun 1967 berdasarkan Surat Keputusan Rektor IAIN Alauddin Nomor 6 Tahun 1967. Pada periode awal tersebut, Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin Parepare masih berstatus sebagai fakultas filial atau cabang dari Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin Makassar. Penyelenggaraan pendidikan pada masa awal dilakukan dengan keterbatasan sarana dan prasarana serta dukungan tenaga pengajar yang masih terbatas.

Dalam perkembangannya, kelembagaan pendidikan tinggi Islam di Parepare mengalami transformasi penting. Perubahan status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Parepare pada tahun 1997 menjadi tonggak penting dalam penguatan kelembagaan pendidikan tinggi Islam di wilayah Ajatappareng. Program Studi Pendidikan Agama Islam kemudian berkembang sebagai bagian dari Jurusan Tarbiyah dan Adab STAIN Parepare. Dokumen akademik IAIN Parepare menunjukkan bahwa mahasiswa Program Studi PAI telah mengikuti pendidikan pada periode STAIN, bahkan terdapat lulusan dengan tahun masuk jauh sebelum perubahan status menjadi IAIN.

Pada periode STAIN Parepare, Program Studi PAI menjadi salah satu program studi utama pada Jurusan Tarbiyah dan Adab. Pada tahun 2017, misalnya, STAIN Parepare memiliki 16 program studi dan PAI termasuk dalam lima program studi yang berada di bawah Jurusan Tarbiyah dan Adab. Perkembangan berikutnya terjadi pada tahun 2018 ketika STAIN Parepare bertransformasi menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Parepare berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 29 Tahun 2018. Transformasi tersebut membawa perubahan kelembagaan dari sistem jurusan menjadi fakultas, sehingga Program Studi Pendidikan Agama Islam kemudian berada di bawah Fakultas Tarbiyah IAIN Parepare.

Dengan demikian, sejarah Prodi PAI IAIN Parepare dapat dipahami sebagai proses kesinambungan kelembagaan: Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin Parepare (1967) → STAIN Parepare (1997) → IAIN Parepare (2018). Dalam lintasan sejarah tersebut, PAI berkembang dari program pendidikan tinggi Islam yang pada awalnya berorientasi pada penyediaan tenaga pendidik agama menjadi program studi yang mengintegrasikan keilmuan pendidikan, keislaman, pedagogik, teknologi pembelajaran, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.

Seiring dengan perubahan kelembagaan, Program Studi PAI terus melakukan penguatan dalam aspek tata kelola, kurikulum, sumber daya manusia, pembelajaran, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, kemahasiswaan, serta pengembangan jejaring kerja sama.

Pada masa STAIN Parepare, PAI telah menunjukkan posisi strategis sebagai salah satu program studi unggulan. Pada tahun 2017, ketika dilakukan Audit Mutu Internal Akademik, PAI tidak menjadi objek audit sebagaimana beberapa program studi lainnya karena pada saat itu telah memperoleh peringkat akreditasi A. Hal tersebut menunjukkan bahwa PAI telah memiliki posisi mutu yang relatif kuat sebelum transformasi STAIN menjadi IAIN Parepare.

Setelah transformasi kelembagaan menjadi IAIN Parepare, penguatan sistem penjaminan mutu terus dilakukan. IAIN Parepare juga mulai menerapkan pendekatan akreditasi dengan instrumen yang lebih komprehensif, termasuk penguatan pada aspek visi dan misi, tata kelola, mahasiswa, sumber daya manusia, pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, serta luaran dan capaian tridharma.

Dokumen akreditasi IAIN Parepare mencatat periode akreditasi PAI 2017–2022 dan 2018–2022, sementara status berikutnya adalah Unggul 2022–2027.

Pada tahun 2022, Program Studi PAI memperoleh akreditasi Unggul dari Lembaga Akreditasi Mandiri Kependidikan (LAMDIK) berdasarkan SK Nomor 727/SK/LAMDIK/Ak/S/XI/2022. PAI memperoleh nilai 371, yang menandai peningkatan dari predikat A sebelumnya ke kategori Unggul dalam sistem akreditasi LAMDIK.

Status tersebut menunjukkan posisi strategis PAI sebagai salah satu program studi unggulan di IAIN Parepare. Dokumen strategis IAIN Parepare juga menempatkan PAI jenjang S-1 sebagai salah satu program studi yang memperoleh peringkat akreditasi Unggul.